שבת אחים הוקמה ב-1994 במטרה לעזור לילדים מהאזור לקבל בישראל ניתוחי-לב מצילי-חיים.
המקור של השם "שבת אחים" הוא מתהילים קל״ג, "הנה מה טוב ומה נעים שבת אחים גם יחד...כי שם צווה יהוה את הברכה חיים עד העולם." אנחנו מאמינים שההבטחה הזו יכולה להתגשם עבור כל ילדי אברהם במזרח התיכון.
ביסודה שבת אחים היא ביטוי של חסד אלוהים. אין אנו מציעים את עבודתנו אלא את הרוח שמתחתיה ומאחוריה: אנו אנשים הזקוקים לחסד פועלים ביחד עם אנשים הזקוקים לחסד.
הרעיון אינו שייך לנו, ואיננו שומרים עליו בשלמות. חסד, יפה לנפש ויעיל במציאות, הולך ומתיישן. לכן, בלב היחסים בירושלים בין מוסלמים, יהודים, ונוצרים, חפצנו אינו לגייס בני אדם לסוג דת שלנו אלא לחוות פריצת דרך של האמת הזאת בתוכנו; רק אז תיהפך למדבקת. חסד מקובל נהפך לחסד ניתן. אהבה מקובלת נהפכת לאהבה ניתנת. מעגלים קדומים נשברים, המלכות באה. זאת התקווה הגדולה בשבילנו, כאנשים פרטיים וכקהילה: כי עמדתנו תהיה המהות האלוהית והמדבקת הזאת.